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面对如潮的电子乌贼,人类城市危在旦夕,墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战。此时,“救世主”尼奥的身体和思想却意外分离,后者再度陷入到“母体”中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不带着尼奥的身体,回到“母体”和守护天使一起寻找他。一场大战之后,守护天使、病毒双胞胎等皆阵亡,而尼奥却在找到先知之后一无所获……锡安的局势越来越危险,议员…
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上回说到NEO同学终于意识到自己的能力和使命,在中弹“复活”的同时,他也变成了无所不能“救世主”。结尾的“飞升”象征着人类超级英雄的诞生:NEO将带领锡安基地安基地的人民,打响对机器世界的反击战,并将以胜利者的姿态结束这场战斗,还人类以自由之身。他的使命会实现吗?矩阵会那么甘心被摧毁吗?